Shelter mengisahkan sekelompok orang yang terpaksa berlindung di sebuah shelter bawah tanah setelah terjadi peristiwa besar yang menghancurkan dunia luar. Tempat perlindungan yang awalnya dianggap aman perlahan berubah menjadi ruang tertutup penuh ketegangan, di mana rasa takut dan ketidakpastian mulai menggerogoti para penghuninya.

Cerita berfokus pada dinamika antar karakter yang berasal dari latar belakang berbeda, masing-masing membawa trauma, rahasia, dan kepentingan pribadi. Ketika persediaan mulai menipis dan komunikasi dengan dunia luar terputus, konflik internal tak terhindarkan. Kepercayaan menjadi hal langka, sementara keputusan kecil dapat berujung pada konsekuensi fatal.

Seiring waktu, tanda-tanda kejanggalan di dalam shelter mulai muncul. Beberapa penghuni mencurigai bahwa ancaman sebenarnya mungkin bukan berasal dari luar, melainkan dari dalam perlindungan itu sendiri. Paranoia meningkat, batas antara kebenaran dan manipulasi semakin kabur, dan rasa aman yang dijanjikan shelter perlahan runtuh.