Star Trek: Section 31 2025 Film dibuka di Mirror Universe pada abad ke-23 dengan flashback ke masa remaja Philippa Georgiou. Ia ikut dalam kontes mematikan untuk menentukan siapa yang akan menjadi Kaisar berikutnya dalam Terran Empire. Georgiou, bersama San, berhasil menyingkirkan pesaing lainnya. Demi mengukuhkan kekuasaannya, Georgiou melakukan pengkhianatan besar terhadap keluarganya—mereka diracuni—dan memutus semua ikatan masa lalunya. San, yang gagal menewaskan keluarganya sendiri karena hukum kekaisaran, ditinggalkan dalam perbudakan, dan persahabatan mereka hancur.

Melompat ke awal abad ke-24 di Prime Universe, Georgiou hidup sebagai Madame du Franc, pemilik bar di stasiun luar angkasa Baraam, setelah pernah menjadi bagian dari Starfleet. Ia direkrut ke dalam Section 31, divisi rahasia Starfleet yang melakukan operasi intelijen dan pengamanan ekstrem demi melindungi Federasi. Timnya terdiri dari agent-agent unik: Alok Sahar, serta anggota seperti Melle (Deltan), Quasi (Chameloid), Zeph (pemakai eksoskeleton mekanis), Rachel Garrett, dan Fuzz, sebuah makhluk Nanokin mikroskopis yang mengendalikan jas robotik mirip Vulcan.

Konflik dimulai ketika sebuah senjata luar biasa, yang disebut “Godsend”, dicuri oleh figur misterius—ternyata San yang dikira sudah tewas. Ia berencana menggunakan Godsend untuk menghancurkan Prime Universe dan membentuk kekaisaran barunya, dengan konsep “belas kasih yang adil” sebagai pembenaran. Georgiou terjebak dalam pertempuran batin karena masa lalunya dengan San; sambil melawan musuh eksternal dari Section 31 dan San, dia juga harus menghadapi rasa bersalah dan konsekuensi tindakannya dulu. Ketegangan semakin memuncak saat tim curiga ada penghianat (“mole”) di dalam kelompok mereka, dan bahwa Fuzz mungkin telah menyusup ke dalam Zeph.

Dalam klimaks, Geoffiou, Alok, dan timnya berusaha menghentikan San dan menghancurkan Godsend sebelum tersangka ion storm membuka jalur ke Mirror Universe. San akhirnya secara tragis bunuh diri setelah konfliknya dengan Georgiou. Georgiou dan Alok hampir berkorban untuk menerbangkan Godsend ke wormhole ke Mirror Universe, tapi diselamatkan di detik terakhir oleh Quasi. Pada akhir film, anggota tim yang tersisa — termasuk istri Fuzz, Wisp — berkumpul kembali di Baraam. Sebuah hologram dari “Control,” direktur Section 31, muncul dan memberi misi baru kepada tim — menunjukkan bahwa petualangan mereka belum selesai.