Kannappa berkisah tentang Thinnadu, seorang pemburu dari suku Chenchu yang hidup di daerah terpencil dan dikenal karena sifatnya yang keras, mandiri, dan menganggap agama serta kepercayaan sebagai hal tak penting. Ia tumbuh sebagai seorang ateis — tidak percaya pada Tuhan — dan hidup hanya bergantung pada naluri serta kekuatannya untuk bertahan di alam liar.

Suatu hari, perjalanan hidupnya berubah ketika ia mulai menyaksikan kejadian-kejadian luar biasa yang menunjukkan adanya unsur ketuhanan, khususnya pengaruh dari Dewa Siwa. Thinnadu bertemu dengan karakter-karakter yang berkaitan dengan agama, seperti Nemali, seorang putri yang juga memiliki hubungan dengan kepercayaan terhadap Siwa, dan para pemuka agama yang memperdebatkan makna sejati dari pengabdian dan keyakinan.

Konflik batin Thinnadu makin memuncak ketika ia ditantang untuk membuktikan keimanannya lewat tindakan-tindakan yang sangat berat. Kelompok manusia yang skeptis dan kekuatan antagonis, termasuk musuh yang mencoba menyabotase keputusannya, muncul untuk menghalangi perjalanannya menuju pencerahan. Di titik ini, Thinnadu mengalami transformasi spiritual yang mendalam — bukan hanya dalam pikirannya, tetapi juga dalam tindakan dan pengorbanannya.

Puncak cerita terjadi ketika Thinnadu, yang kini dikenal sebagai Kannappa, menunjukkan pengabdian tertinggi kepada Dewa Siwa dengan melakukan pengorbanan mata — sebuah simbol dari totalitas iman dan keikhlasan. Adegan klimaksnya sangat emosional, menampilkan bagaimana iman yang sejati bisa menuntun manusia keluar dari keraguan dan penderitaan, meleburkan ego, serta membangun hubungan yang mendalam antara manusia dan Tuhan. Film ditutup dengan resonansi spiritual yang kuat, meninggalkan pesan bahwa dari kepercayaan dan pengorbanan bisa lahir kebesaran jiwa.