Ballerina Assassin mengisahkan tentang seorang wanita muda bernama Alina, seorang penari balet yang terpaksa meninggalkan dunia seni untuk bergabung dengan sebuah organisasi rahasia setelah keluarganya dibunuh oleh kelompok kejahatan internasional. Alina, yang telah dilatih sejak kecil dalam seni balet dan juga bela diri, direkrut oleh agen intelijen untuk menjalani misi yang berbahaya. Keindahan gerakannya di atas panggung kini bertransformasi menjadi senjata mematikan dalam misi-misi gelap yang penuh intrik dan pengkhianatan.

Dalam perjalanan hidupnya yang penuh kekerasan, Alina mulai merasakan dilema antara menjaga identitas dirinya sebagai seorang seniman dan menjadi pembunuh bayaran. Dia bertarung melawan musuh-musuh kuat dengan kecerdikan dan kelincahan, menggunakan setiap keterampilan balet yang dimilikinya untuk merobek musuh dengan cara yang tak terduga. Namun, semakin dalam dia terlibat, semakin sulit untuk keluar dari dunia yang telah mengubahnya menjadi sosok yang jauh dari dirinya yang dulu.

Di tengah misi terbesarnya, Alina bertemu dengan seorang agen misterius yang memiliki hubungan masa lalu dengan keluarga Alina. Bersama-sama, mereka menggali rahasia gelap yang tersembunyi di balik organisasi yang telah memanipulasinya. Semakin banyak kebenaran yang terungkap, semakin besar ancaman yang harus mereka hadapi. Misi untuk membalaskan kematian keluarganya kini berubah menjadi pertarungan untuk menghentikan sebuah konspirasi global yang dapat mengguncang dunia.