Agent Recon dibuka dengan memperkenalkan Jim Yung, seorang rookie yang baru saja terpapar zat misterius bernama Ash. Zat ini memberinya kemampuan super–refleks cepat, kekuatan, dan daya penyembuhan–tetapi efeknya tak sepenuhnya dipahami olehnya atau orang-orang di sekitarnya. Jim direkrut ke dalam satu unit keamanan rahasia yang dipimpin oleh Colonel Green dan dibantu AI android bernama Alastair, yang menyimpan memori dan visi sang pemimpin keamanan bumi.

Tugas utama mereka adalah menyelidiki gangguan energi yang sangat aneh di sebuah basis militer di New Mexico. Basis tersebut diduga melakukan eksperimen dengan teknologi alien, termasuk penggunaan Ash dan suatu bentuk energi lain yang disebut mana. Alastair mengirim Jim dan timnya ke sana setelah basis itu kehilangan kontak, dengan harapan menemukan kebenaran di balik eksperimen tersebut.

Sesampainya di basis, mereka segera dihadapkan dengan ancaman yang jauh lebih besar dari yang dibayangkan: sebuah entitas asing yang memiliki kekuatan fisik dan kecepatan luar biasa, serta kemampuan untuk mengendalikan pasukan prajurit “tanpa pikiran” (mindless warriors). Pertarungan menjadi tak terelakkan ketika unit tersebut harus menyelamatkan diri sambil mengungkap motif di balik eksperimen, dan juga melawan konflik internal seperti rahasia yang disembunyikan oleh Colonel Green mengenai alasan sebenarnya mereka dikirim ke sana.

Pada klimaksnya, Jim harus menghadapi ujian terbesar dari kemampuannya—bagaimana menggunakan kekuatan Ash-nya tanpa kehilangan kontrol, dan apakah dia bisa mempercayai orang-orang di sisinya. Sementara itu, Alastair sebagai android berperan penting dalam menjaga keseimbangan misi, memberikan arahan kritis dari sisi intelektual dan strategis. Akhir film menggantung dengan pertanyaan: apakah ancaman alien ini memang satu-satunya bahaya, atau ada rahasia lebih gelap dan agenda tersembunyi yang bisa mengubah masa depan umat manusia jika tidak dihentikan tepat waktu.