HIT: The 3rd Case Film dimulai dengan SP Arjun Sarkaar (diperankan oleh Nani) yang tiba-tiba terpenjara, menandakan hilangnya kendali sang tokoh utama atas situasi. Melalui alur maju–mundur, terungkap bahwa ia tengah menyelidiki serangkaian pembunuhan brutal yang tersebar di berbagai wilayah, yang membawa dia keluar dari zona nyamannya dan menguji kesehatan mental serta fisiknya.

Kasus ini bukan kejahatan biasa: pelaku tergabung dalam kultus misterius bernama CTK (Capture, Torture, Kill), yang menjalankan ritual pembunuhan untuk mengambil hormon korban, selanjutnya digunakan untuk memproduksi obat untuk kalangan elite. Arjun bahkan harus menyamar, melakukan pembunuhan dan mengunggahnya daring demi mendapatkan kepercayaan pelaku sebagai modus infiltrasi.

Penyelidikan Arjun membawa penonton ke lanskap beragam—mulai dari Srinagar hingga Visakhapatnam, hingga daerah pegunungan Arunachal—menyajikan perpaduan antara aksi brutal dan trauma psikologis. Perannya sebagai polisi yang tanpa ampun memperlihatkan sisi gelap jiwa korban dan pelaku, mempertegas narasi “justice versus vengeance”.

Akhir kisah meraih klimaks ketika terungkap bahwa Samuel Joseph—tokoh yang semula tampak membantu Arjun—ternyata adalah dalang operasi kejam tersebut. Arjun berhasil menghadapi dan mengalahkannya, memberi penghormatan kepada rekannya, ACP Dhanya Mohan, melalui momen emosional sekaligus tegas. Penutup film mencetuskan kelanjutan cerita di installment berikutnya, yang diisyaratkan akan berlatar Chennai.