The Witcher: Sirens of the Deep membawa petualangan Geralt of Rivia ke sebuah wilayah yang lebih gelap dan penuh misteri, ketika ia terjebak dalam konflik antara manusia dan makhluk bawah laut yang menakutkan. Setelah menerima tugas dari seorang pedagang kaya untuk menyelidiki serangkaian hilangnya kapal di sepanjang pantai, Geralt tiba di sebuah desa nelayan yang terisolasi, di mana penduduknya mulai menghilang tanpa jejak. Mereka meyakini bahwa ini adalah ulah dari siren—makhluk laut legendaris yang mempesona dengan nyanyian mematikan.

Dengan bantuan Jaskier, yang kebetulan tengah dalam perjalanan ke daerah tersebut untuk menulis lagu, Geralt mulai menyelidiki lebih dalam tentang fenomena aneh ini. Mereka menemukan bahwa siren-siren yang selama ini dianggap hanya mitos, ternyata memang ada dan telah berkembang menjadi ancaman yang lebih besar, dengan tujuan untuk membalas dendam atas penangkapan dan pembantaian spesies mereka oleh manusia. Di tengah usaha untuk mencari solusi, Geralt harus menghadapi berbagai rintangan, mulai dari makhluk-makhluk laut yang berbahaya hingga pengkhianatan dari sesama manusia yang mencoba mengeksploitasi kekuatan siren demi kepentingan pribadi.

Dalam pencariannya, Geralt berhadapan dengan seorang penyihir bernama Lyssa, yang memiliki pengetahuan mendalam tentang siren dan hubungan mereka dengan sihir kuno. Lyssa mengungkapkan bahwa siren-siren tersebut tidak hanya sekadar pembunuh, tetapi juga penjaga keseimbangan alam laut yang kini terganggu oleh eksploitasi manusia. Geralt harus memutuskan apakah ia akan mengalahkan makhluk-makhluk ini demi menyelamatkan dunia manusia atau menemukan cara untuk berdamai dengan mereka dan mengembalikan keseimbangan yang hilang.